A ​16. században játszódó vadromantikus történet megírásához Jókai több írásbeli dokumentumot, szájhagyományt is felhasznált. Ezek egy raguzai szerzetes és két szerelmének történetéről szólnak. A cselekmény a dalmát tengerparton, Raguzában és környékén játszódik. Boboli János – Raguza első polgárának fia – megszökteti esküvőjéről egy gazdag fejedelem lányát. Ezért a lányt kolostorba zárják, ő pedig szerzetes lesz. A környező hegyekben élő warángok fejedelmének fiával és cinkosaival fölégetteti a lány vőlegényének várát, megöleti a férfiakat. A nőket, gyermekeket és a rabszolgákat a várból kivezető tekervényes alagúton keresztül kimenekíti. Ezekből új nemzetséget hoz létre, az uskókokat, s várost alapít Raguza szomszédságában Új-Jeruzsálem néven. Közben cselvetéssel kiszabadítja a kolostorból szerelmesét, s meghódítja a fejedelemasszony szívét is. Az új városba befogad minden elbukott kereskedőt, üldözött embert. Ellenpápát választanak, aki engedélyezi a papok házasságát, s a többnejűséget. Ő maga is együtt él szerelmével és a kolostor egykori fejedelemasszonyával. Később a raguzaiak – Boboli apjának vezetésével – elfogják, népét legyilkolják, Új-Jeruzsálemet rombadöntik, őt pedig feleségeivel együtt kivégzik.
A romantikus cselekmény bővelkedik vad csaták, intrikák, csodálatos események leírásában. A történetet gyakran megszakító „Disputában” az események hitelességében kételkedő kritikusnak válaszol az író.